В селе Липушки в XIX веке была одна из самых больших старообрядческих общин в Латгалии. К концу века часть здешних староверов перешла в единоверие. С этого и началась история небольшого храма у самой кромки берега озера Разна.
Во второй половине XIX века, с усилением репрессии против старообрядцев, на территории Латгалии (тогда – Витебской губернии) поощрялось создание в староверческих районах приходов единоверцев. Единоверие – направление в старообрядчестве, сторонники которого при сохранении уклада и древних богослужебных чинов (двоеперстие, служба по старопечатным книгам и пр.) признают юрисдикцию православной церкви Московского Патриархата.В 1888 году в селе Липушки на берегу озера Разна была открыта церковно-приходская школа с маленькой часовней при ней. Проводником единоверия в селе стал местный торговец Иван Сольский, который привлёк режицких (то есть живших в Резекне) купцов-единоверцев для софинансирования перестройки часовни в храм. 18 июня 1895 года новая церковь была освящена во имя святителя Николая Чудотворца, архиепископа Мирликийского, а в январе 1902 года было объявлено об открытии в Липушках единоверческого прихода.
Деревянная церковь при церковной школе сгорела в 1927 году. В приходе стали строить новый храм на средства Синода Латвийской Православной Церкви, местные пожертвования и частично на страховые выплаты. Через три года, 10 августа 1930 года, новый храм освятили. Постоянного священника в церкви не было, но богослужения совершались не менее одного раза в месяц.
Первые советские годы храм оставался действующим, но в 1961 году, при последней масштабной богоборческой кампании, храм закрыли и переделали в почтовое отделение. Возвратили церковь Латвийской православной церкви в 1992 году, но восстановление началось лишь в 2009 году. Оно осуществлялось на средства Резекненского благочиния Латвийской православной церкви и длилось шесть с половиной лет. 2 июля 2016 года Епископ Даугавпилсский и Резекненский Александр, совершил чин освящения восстановленного Свято-Никольского храма в селе Липушки.
